Matkvalitets silikonslange anbefales generelt ikke å komme i direkte kontakt med desinfeksjonsmidler. Selv om silikonrør kan tolerere visse kjemikalier i noen tilfeller, inneholder desinfeksjonsmidler ofte sterke oksidanter, klorider, alkoholer eller andre etsende og reaktive kjemiske komponenter som kan reagere med silikongel og forårsake overflatekorrosjon, herding, misfarging eller ytelsesforringelse av silikonrøret.
For eksempel, selv om reaksjonen mellom natriumhydroksid og silikongel er relativt mild ved romtemperatur, kan den gjennomgå en voldsom reaksjon ved høye temperaturer, noe som påvirker ytelsen til silikonrør. På samme måte har klorholdige desinfeksjonsmidler som natriumhypokloritt sterke oksiderende egenskaper og kan skade den kjemiske strukturen til silikagel. Selv om alkoholdesinfeksjonsmidler er mindre irriterende, kan langtidseksponering også ha negative effekter på silikongel.
